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英文题目：Metagenomicnext-generationsequencingformixedpulmonaryinfectiondiagnosis中文题目：宏基因组测序技术在肺部混合感染诊断中的应用发表期刊：BMCPulmonaryMedicine发表时间：年12月DOI：10./s---4背景
肺部感染是世界范围内引起死亡和发病的主要原因。肺部混合感染的风险很高，特别是在免疫功能低下的患者中。肺部混合感染患者的抗生素谱不同，临床表现更为严重，抗生素联合治疗也有许多潜在的副作用，因此诊断必须尽可能准确。由于传统检测方法在病原检测的灵敏度、速度和范围方面的限制，快速准确的感染诊断仍具有挑战性。宏基因组测序技术(mNGS)在检测结核分枝杆菌(MTB)、病*、厌氧菌和真菌方面具有优势，受抗生素影响较小，检测速度快和敏感性高，正在成为一种有前途的病原体检测技术。目前关于mNGS在肺部混合感染诊断中应用的报道较少。本文将mNGS结果与传统诊断方法进行比较，研究了mNGS在肺部混合感染诊断中的应用价值。材料与方法
对年7月至年3月收治的55例患者进行回顾性分析。根据初步诊断分为混合肺部感染36例(65.5%)和非混合肺部感染19例(34.5%)，其中23名患者为免疫力低下的恶性血液疾病。采集肺活检组织和支气管肺泡灌洗液进行mNGS检测，比较mNGS和常规诊断方法在混合肺部感染诊断和病原体鉴定方面的性能。结果
mNGS诊断肺部混合感染的敏感性显著高于培养，特异性稍差mNGS敏感性和特异性分别为97.2%和63.2%，NPV和PPV分别为92.3%和83.3%。常规检测方法诊断肺部混合感染敏感性和特异性分别为13.9%和94.7%，NPV和PPV分别为36.7%和83.3%。mNGS与常规检测方法一致性比较1）对于混合感染病例，mNGS和常规方法同时检测结果为阳性5例(5/55=9.1%)；mNGS单独检测到混合感染阳性37例(37/55=67.3%)，其中7例假阳性；mNGS和常规方法同时检测为阴性12例(12/55=21.8%)；仅有1例常规方法检测结果阳性，mNGS阴性（假阴性）。2)对于全部感染病例(单一感染和混合感染)，mNGS和常规方法同时检测为阳性26例(26/55=47.3%)；同时阴性4例(4/55=7.3%)；单mNGS检测阳性24例(24/55=43.6%)；单常规检测阳性1例(1/55=1.8%)。在26例双阳性病例中，mNGS与常规检测病原完全一致3例，部分一致17例。mNGS诊断效率更高，病原检测范围更广1)在常规检测结果为阴性的28例中，mNGS24例为阳性（5例单一感染+19例复合感染），共检测出17种病原体（包括巨细胞病*、耶氏肺孢子菌、隐球菌、鲍曼不动杆菌、铜绿假单胞菌等），其中13例真菌阳性（如耶氏肺孢子菌）。2)在21例(21/55=38.2%)常规检测为单一感染的病例中，有2例mNGS检测结果与常规检测结果一致；13例为部分一致，mNGS可以检测到更多的病原体，如巨细胞病*、副流感嗜血杆菌、新生隐球菌、耶氏肺孢子菌等。mNGS提高了肺部混合感染的诊断。3)常规检测确定混合肺部感染的标本中，mNGS可以识别罕见病原体，除常规检测出的病原菌外，mNGS还可检测到烟曲霉，肺炎链球菌，耶氏肺孢子菌等。mNGS检测病原和常见混合感染类型在55份标本中，mNGS检出常规检验未检出的5种病原体：脓肿分枝杆菌、根霉、副氟流感嗜血杆菌、细小根霉和肺炎链球菌。人类巨细胞病*和耶氏肺孢子菌（7例）是最常见的混合感染类型，其次是铜绿假单胞菌和肺炎克雷伯菌（5例）。此外，人类巨细胞病*也常与铜绿假单胞菌、烟曲霉、肺炎克雷伯菌、鲍曼不动杆菌混合感染。讨论
1、有报道称mNGS特异性与培养结果相当(89.1%vs85.7%)，本研究中可能是由于mNGS的假阳性率高影响了其特异性。2、本研究中的大多数患者(60.0%)免疫功能低下，早期使用广谱或预防性抗菌药物会影响常规培养检测病原体的效果。苛养或生长缓慢的病原体的存在也限制了基于培养的方法的敏感性。3、在本研究中，23例患者免疫功能低下。因此，这些患者混合感染的病原体可能与普通人群不同。人类巨细胞病*是本研究中最常见的病原体，发生在19例混合感染病例中，其中7例是人类巨细胞病*和耶氏肺孢子混合感染。耶氏肺孢子菌分离和培养困难，mNGS是一种快速、准确检测耶氏肺孢子菌的有效方法。结论
本研究首次报道了mNGS在混合肺部感染诊断中的敏感性和特异性。mNGS能更早、更全面地鉴定肺部混合感染的病原体(如结核杆菌、病*、厌氧菌和真菌)，为改善培养条件和制定抗生素治疗方案提供信息。mNGS可作为肺部混合感染的准确诊断和个体化治疗的一种有前途的技术。关于金匙医学
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