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文献速递宏基因组测序技术在肺部混合感 [复制链接]

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文献信息

英文题目:Metagenomicnext-generationsequencingformixedpulmonaryinfectiondiagnosis中文题目:宏基因组测序技术在肺部混合感染诊断中的应用发表期刊:BMCPulmonaryMedicine发表时间:年12月DOI:10./s---4

背景

肺部感染是世界范围内引起死亡和发病的主要原因。肺部混合感染的风险很高,特别是在免疫功能低下的患者中。肺部混合感染患者的抗生素谱不同,临床表现更为严重,抗生素联合治疗也有许多潜在的副作用,因此诊断必须尽可能准确。由于传统检测方法在病原检测的灵敏度、速度和范围方面的限制,快速准确的感染诊断仍具有挑战性。宏基因组测序技术(mNGS)在检测结核分枝杆菌(MTB)、病*、厌氧菌和真菌方面具有优势,受抗生素影响较小,检测速度快和敏感性高,正在成为一种有前途的病原体检测技术。目前关于mNGS在肺部混合感染诊断中应用的报道较少。本文将mNGS结果与传统诊断方法进行比较,研究了mNGS在肺部混合感染诊断中的应用价值。

材料与方法

对年7月至年3月收治的55例患者进行回顾性分析。根据初步诊断分为混合肺部感染36例(65.5%)和非混合肺部感染19例(34.5%),其中23名患者为免疫力低下的恶性血液疾病。采集肺活检组织和支气管肺泡灌洗液进行mNGS检测,比较mNGS和常规诊断方法在混合肺部感染诊断和病原体鉴定方面的性能。

结果

mNGS诊断肺部混合感染的敏感性显著高于培养,特异性稍差mNGS敏感性和特异性分别为97.2%和63.2%,NPV和PPV分别为92.3%和83.3%。常规检测方法诊断肺部混合感染敏感性和特异性分别为13.9%和94.7%,NPV和PPV分别为36.7%和83.3%。mNGS与常规检测方法一致性比较1)对于混合感染病例,mNGS和常规方法同时检测结果为阳性5例(5/55=9.1%);mNGS单独检测到混合感染阳性37例(37/55=67.3%),其中7例假阳性;mNGS和常规方法同时检测为阴性12例(12/55=21.8%);仅有1例常规方法检测结果阳性,mNGS阴性(假阴性)。2)对于全部感染病例(单一感染和混合感染),mNGS和常规方法同时检测为阳性26例(26/55=47.3%);同时阴性4例(4/55=7.3%);单mNGS检测阳性24例(24/55=43.6%);单常规检测阳性1例(1/55=1.8%)。在26例双阳性病例中,mNGS与常规检测病原完全一致3例,部分一致17例。mNGS诊断效率更高,病原检测范围更广1)在常规检测结果为阴性的28例中,mNGS24例为阳性(5例单一感染+19例复合感染),共检测出17种病原体(包括巨细胞病*、耶氏肺孢子菌、隐球菌、鲍曼不动杆菌、铜绿假单胞菌等),其中13例真菌阳性(如耶氏肺孢子菌)。2)在21例(21/55=38.2%)常规检测为单一感染的病例中,有2例mNGS检测结果与常规检测结果一致;13例为部分一致,mNGS可以检测到更多的病原体,如巨细胞病*、副流感嗜血杆菌、新生隐球菌、耶氏肺孢子菌等。mNGS提高了肺部混合感染的诊断。3)常规检测确定混合肺部感染的标本中,mNGS可以识别罕见病原体,除常规检测出的病原菌外,mNGS还可检测到烟曲霉,肺炎链球菌,耶氏肺孢子菌等。mNGS检测病原和常见混合感染类型在55份标本中,mNGS检出常规检验未检出的5种病原体:脓肿分枝杆菌、根霉、副氟流感嗜血杆菌、细小根霉和肺炎链球菌。人类巨细胞病*和耶氏肺孢子菌(7例)是最常见的混合感染类型,其次是铜绿假单胞菌和肺炎克雷伯菌(5例)。此外,人类巨细胞病*也常与铜绿假单胞菌、烟曲霉、肺炎克雷伯菌、鲍曼不动杆菌混合感染。

讨论

1、有报道称mNGS特异性与培养结果相当(89.1%vs85.7%),本研究中可能是由于mNGS的假阳性率高影响了其特异性。2、本研究中的大多数患者(60.0%)免疫功能低下,早期使用广谱或预防性抗菌药物会影响常规培养检测病原体的效果。苛养或生长缓慢的病原体的存在也限制了基于培养的方法的敏感性。3、在本研究中,23例患者免疫功能低下。因此,这些患者混合感染的病原体可能与普通人群不同。人类巨细胞病*是本研究中最常见的病原体,发生在19例混合感染病例中,其中7例是人类巨细胞病*和耶氏肺孢子混合感染。耶氏肺孢子菌分离和培养困难,mNGS是一种快速、准确检测耶氏肺孢子菌的有效方法。

结论

本研究首次报道了mNGS在混合肺部感染诊断中的敏感性和特异性。mNGS能更早、更全面地鉴定肺部混合感染的病原体(如结核杆菌、病*、厌氧菌和真菌),为改善培养条件和制定抗生素治疗方案提供信息。mNGS可作为肺部混合感染的准确诊断和个体化治疗的一种有前途的技术。

关于金匙医学

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