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病原微生物
宏基因组
案例探索
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病原微生物宏基因组助力感染诊断
病原微生物宏基因（mNGS）检测
宏基因组(Metagenome)包含了可培养的和未可培养的微生物的基因，目前主要指环境样品中的细菌、真菌或者病*的基因组总和。宏基因组二代测序技术（metagenomicsnext-generationsequencing,mNGS）是借助二代测序平台快速测序获得样品中的核酸序列（所有DNA或RNA信息），并进一步与各个物种的基因组序列对比，从而得知样品中微生物的种类和比例的技术。宏基因组测序在新发突发传染病以及常规检验阴性的感染性疾病诊断中发挥了重要作用，让致病微生物无所遁形。
临床宏基因组测序与传统方法指标对比
单核细胞增多性李斯特菌病
单核细胞增多性李斯特菌（Listeriamonocytogenes）为革兰氏阳性杆菌，兼性厌氧，无芽孢，是已知李斯特氏菌属中唯一对人类致病的病原菌。它生命力顽强，在0℃～45℃都能生存，在冰箱的冷藏温度下仍可生长，这也是它不同于其他食源性致病菌的重要特征。食用受单核细胞增多性李斯特菌污染的食物被认为是导致李斯特菌病的主要原因，潜伏期从几天到数周不等，临床最常见的李斯特菌病为脑膜炎。
本例患者入院后病情迅速发展，发热，颅内压持续升高，头颅CT提示蛛网膜下腔出血。然而多次痰涂片抗酸染色均为阴性，常规病原学检查均无法明确病因，故取脑脊液进行mNGS测序，快速鉴定为单核细胞增多性李斯特菌，及时开展了针对性的治疗。之后的涂片结果也提示革兰氏阳性杆菌，培养结果再次验证了mNGS的准确性。
本案例起病急，而mNGS的快速鉴定结果使病人避免了不可逆性脑损害进展。mNGS展示了其具有无偏倚、无需预设、广覆盖和快速周转的优势，作为常规病原学检查的补充手段，可协助临床快速精准明确感染病因。
鲍曼不动杆菌+烟曲霉
鲍曼不动杆菌（Acinetobacterbaumannii）为非发酵革兰阴性杆菌，广泛存在于自然界，属于条件致病菌。医院感染的重要病原菌，主要引起呼吸道感染，也可引发菌血症、泌尿系感染、继发性脑膜炎、手术部位感染、呼吸机相关性肺炎等。对常用抗生素的耐药率有逐年增加的趋势，并引起临床医生和微生物学者的严重