引言
医院国家肾脏疾病临床研究中心李世*团队（第一作者顾鹏）于《肾脏病与透析肾移植杂志》发表了一篇目前样本量最大的将mNGS用于肾脏病免疫抑制患者合并肺孢子菌肺炎（PCP）的单中心研究，发现mNGS用于诊断PCP不但准确快速、可以避免呼吸道定植干扰，还可以检出合并的混合其他病*或细菌感染，对免疫抑制合并肺部感染患者的诊断有重要的指导意义。
01丨研究方法
入组标准
1
入选的患者为肾移植术后或其他肾脏疾病，有接受糖皮质激素长期治疗（＞30d）和或高剂量糖皮质激素[＞1mg/(kg?d)]，或其他免疫抑制药物治疗史（＞30d）；
2
临床拟诊为PCP，即具有以下表现者作为观察组：合并呼吸困难、进行性缺氧等表现；胸部高分辨率CT可见磨玻璃样改变和（或）肺间质弥漫浸润病变等典型改变；
3
另选取临床确诊为其他病原（细菌、真菌、病*等）导致肺部感染的患者作为对照组。
mNGS检测流程和方法
1
采集患者的血液样本均符合mNGS检测要求（使用Ｋ管采集的外周血样本不少于3mL、6-35℃储存），使用BGISEQ-/50平台测序。测序结果去除低质量的和长度小于35bp的数据以获得高质量数据。通过BWA比对将人源核酸序列的数据去除。剩余数据在去除低复杂度序列后与专用的微生物数据库比对，测序后的数据按照病*、细菌、真菌和寄生虫等进行分类和排列。
2
在采集mNGS血液样本的同时送检对应的血培养、痰或肺泡灌洗液（BALF）病原（细菌、真菌）培养（时间差≤１天）。病原培养、胸部高分辨率CT和其他检测均在国家肾脏病临床医学研究中心相关科室完成。
02丨研究结果
病例临床特征
观察组入选37例患者，对照组入选25例其他病原引起肺部感染的患者。
mNGS检测结果
观察组37例患者，送检了37份外周血样本。其中35份检出了耶氏肺孢子菌（PJ）序列（阳性），同时检出了其他病原序列（表２、图１）。2例（样本8、21）未检出PJ序列（阴性）的，其中１例１周后重复送检结果阳性。对照组送检25份外周血样本，PJ序列均为阴性。
其他病原检测结果
观察组37例患者中，有31例使用mNGS检出了合并感染的其他病原序列。观察组所有血培养结果均为阴性（培养５天均无菌生长），BALF及痰液培养有7例阳性，见表２、图１。
BG/LDH检测
在观察组中，有33例患者真菌G试验阳性且LDH升高，另4例患者多次检测真菌G试验结果均为阴性。而在对照组中，有11例真菌G试验阳性且LDH升高，真菌G试验阳性的原因考虑合并其他真菌感染或假阳性。
检测效能
mNGS检测在外周血中诊断PCP的敏感度94.95%，特异度%；真菌G联合LDH检测的敏感度89.19%，特异度56.0%。在外周血中使用mNGS诊断PCP的特异度较真菌G试验阳性联合LDH升高诊断PCP有显著优势（表３）。
03丨结果讨论
PCP传统病原学诊断方法的缺点
PCP的传统病原学诊断方法通过采集患者的呼吸道标本（痰液、肺泡灌洗液），染色后在显微镜下发现PJ的包囊或滋养体为确诊依据，这种诊断技术受到染色方法、标本采集、病原载量等多种因素影响，其准确性、检出率低。
PCR检测PCP的短板
由于耶氏肺孢子菌在人类Ⅰ型肺泡细胞表面定植和生长，非HIV的免疫缺陷患者中定植率较高（17.14%），使用PCR或者其他基因检测等方法对呼吸道标本的检测，难以确定合适的阈值来区分感染或定植。
mNGS检测PCP的优势
（1）在本文中，通过mNGS检测PCP患者外周血中的病原序列，证实了这种方法用于PCP的诊断，具有较高的敏感度（94.59%）和特异度（%），送检样本后72h内即可得出检验结果。不但具有无创、简便、快速的优点，而且避免了PJ在呼吸道定植的干扰，相对于肺泡灌洗、肺组织活检等有创检查方法极具优势。血中检出PJ序列的原因，有研究认为是由于患者免疫系统受损时，PJ能够穿透局部的感染部位进入外周血导致。
（2）mNGS检测的另一个优势是可以在锁定某种病原体同时检测混合感染。本文中mNGS在检出PJ序列的同时，也显示了合并其他感染的病原序列，特别对病*显示出较高的阳性率，37例患者中有27例（73%）检出了不同的病*序列，其中以CMV最为突出。有研究指出，合并CMV、HSV是非HIV感染的PCP患者预后不良因素之一，也是其免疫抑制状态的间接标志。
参考文献
顾鹏,许书添,姜雪,等.外周血宏基因组二代测序对肺孢子菌肺炎的诊断价值[J].肾脏病与透析肾移植杂志,,():8-13.
相关链接
前沿文献
mNGS在VAP患者肺泡灌洗液中病原体的诊断价值
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