北京哪些白癜风医院好 http://m.39.net/news/ylzx/bjzkhbzy/SCAP病情重、进展快、死亡率高，因此，快速、准确的病原学诊断直接影响临床决策。宏基因组二代测序（mNGS）对新发、难培养的病原微生物具有重要的检测价值，具有快速、高通量的特点。但其临床应用仍存在一定问题，技术方面还有提升空间。01重症肺言：当前我国重症社区获得性肺炎（SCAP）的流行病学现状如何？邢丽华教授：从目前的流行病学来看，SCAP的30天病死率仍较高，多项研究显示其可达到23%～47%。从病原菌构成来看，对于健康人群，SCAP的病原菌谱与社区获得性肺炎类似，主要为肺炎链球菌，其次为支原体，其他少见病原体如*团菌也可引起SCAP。从病原菌演变来看，病*引起的SCAP发生率较之前有明显增高趋势，这与临床对病*的检出手段增多以及对病*检出率提高有密切关系。例如，对于重症腺病*肺炎、重症鼻病*肺炎等，利用宏基因组二代测序（mNGS）可以检出病原菌，但常规方法往往难以做到。另外，对于免疫抑制宿主重症肺炎，其中一些特殊的病原体是临床非常重视的，尤其是耶氏肺孢子菌引起的肺炎，在SCAP中占比较高。对于此类宿主，混合感染往往较常见。免疫抑制和非免疫抑制的宿主在SCAP病原菌方面存在较大差别。02重症肺言：mNGS临床应用情况？邢丽华教授：mNGS目前越来越多地应用于临床。对于疑难和危重病例，医院医院也可将标本送到第三方进行检测。整体来看，mNGS的应用越来越广泛，相关研究发表的文章也呈指数增长。目前，mNGS的应用主要是在呼吸系统疾病领域，其次为中枢神经系统疾病和血流感染。该技术在肺部感染病原学检测方面的增长速度最快，且覆盖范围最广。03重症肺言：mNGS阳性或阴性结果可否作为临床诊疗决策的唯一依据？邢丽华教授：目前来讲，mNGS仍不能作为唯一的诊断依据。首先，并非所有患者均适合采用mNGS进行检测。一般我们考虑3类患者可以使用mNGS：①危重患者，例如SCAP患者，因其进展快、病死率高，所以临床需要快速获取患者病原学信息。②特殊病例，例如免疫抑制宿主以及合并多种基础疾病的患者。③疑难病例，常规检测方法无法检出相关病原菌，如怀疑为新发病原体或特殊病原体，此时进行mNGS检测极具优势。为什么不能将mNGS结果作为诊疗决策的唯一依据呢？这与其技术方面的要求和流程密切相关。首先，mNGS流程中的第一步是采样，而呼吸道是一个开放性的器官，存在常驻的微生物群，因此采集到的标本可能会被污染或有定植菌。标本来源广，如呼吸道标本（痰液、支气管肺泡灌洗液）、肺组织、胸腔积液、血液，存在背景嘈杂、宿主DNA含量丰富、目标微生物含量低的问题。其次，如感染的病*为RNA病*，则不稳定易降解。再次，核酸提取。采集到标本要进行核酸提取，一些病原菌为胞内菌或细胞壁厚，如结核分枝杆菌、隐球菌等，破壁难度高、检出率低。最后，文库构建涉及一系列操作，以及数据库比对和生物信息的分析等。整体来看，mNGS操作流程复杂，不仅涉及仪器的操作，还有人工操作，所以其结果可能受到多种因素影响。目前的mNGS往往与常规检测同时进行，互为补充，另外，结果判读一定要结合临床。因为mNGS检测的是标本中的核酸片段，无法辨别是污染菌、定植菌还是致病菌。如果能通过mNGS获得相关的药敏结果，将对指导临床用药具有重要意义。目前mNGS可以提供部分耐药基因的测定，但仍无法与常规培养相媲美，因为其覆盖的耐药基因较少，这也是其技术方面存在的限制。04重症肺言：如何判断mNGS报告中的背景微生物是否与疾病有关？邢丽华教授：首先，我们要熟悉病原菌，即使其序列数非常少，一旦检测到也具有意义。第一类如结核分枝杆菌、奴卡菌、*团菌、曲霉菌等。第二类为条件致病菌，如肺炎克雷伯菌、铜绿假单胞菌、鲍曼不动杆菌等，此类病原菌可能为定植、污染，但也可能致病。第三类为常驻呼吸道的定植菌，如某些念珠菌、链球菌。其次，报告解读。报告会给出序列数、覆盖度及其深度和广度等信息。如果某种定植菌的序列数非常高，此时应考虑其可能为致病菌。总的来讲，我们要考虑该微生物的检测深度、检测离散度和基因组覆盖度，越高表示检测到该微生物的可靠性越高。丰度越高表示其在相同类型微生物中所占的比例越高。最后根据送检样本类型结合患者的免疫状态、基础疾病、临床表现及其他结果辅助判断或排除诊断。05重症肺言：哪些因素可能影响mNGS测序结果的判读？邢丽华教授：影响mNGS测序结果判读的因素主要分为两方面：①技术本身因素，如检测流程、质控标准、标本采集和运输、核酸提取、文库构建、数据和信息分析等。目前缺乏统一的行业标准，如质量控制、判定标准等。②专业的团队和标准。对于mNGS报告的解读，最理想的是有一支专业团队，其中包括临床医生、影像学和微生物学专业人员，以及检测技术人员等。上述几方面均会影响临床对mNGS结果的判定。06重症肺言：mNGS的临床应用还存在哪些问题？邢丽华教授：通过mNGS的临床应用，我们也发现了一些问题：①无法直接区分污染菌、定植菌和致病菌，因此需要结合临床。②技术方面仍有待提升，例如，如何将背景菌降至最低，将致病菌富集化？如何能提取更多DNA或RNA，使其检测更稳定？③病原体序列数的高低与临床病情严重程度不成比例。疾病严重程度除与病原体感染有关外，还与机体反应有关。而mNGS提供病原体的序列数不能反映病情严重程度。因此也带来一个新的问题，即病原体被清除或疾病治愈后，仍可在标本中查到该病原菌，其临床价值究竟如何？④当检测到多种菌的情况下，如何判别？⑤检测费用较高，难以进行动态监测继而评估患者病情。嘉宾简介邢丽华教授医院医院呼吸与危重症三科主任、RICU主任。中华医学会呼吸病学分会呼吸危重症学组委员；中国医师协会呼吸医师分会危重症医学工作委员会委员；中国医药教育协会呼吸康复专业委员会副主任委员；河南省医学会呼吸病学分会副主任委员；河南省呼吸与危重症学会呼吸治疗分会主任委员、重症分会副主任委员；河南省生物工程学会体外生命支持分会副主任委员；河南省全民健康促进会呼吸与危重症医学专业委员会副主委。更多内容
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