导语：宏基因组二代测序（mNGS）广泛用于肺部感染；然而，其临床用于诊断肺部真菌感染的经验很少。本研究旨在比较肺活检和支气管肺泡灌洗液（BALF）的mNGS结果，并确定它们的临床诊断效果。研究结果推荐基于活检或BALF的mNGS用于诊断肺部真菌感染，因其诊断效能优于传统检测。当需要更高的诊断效能时，可以考虑活检和BALF两种标本联合mNGS检测。研究背景肺部真菌感染呈上升趋势，传统真菌检测方法（涂片、培养、组织病理学）耗时长且敏感性低；对于非免疫抑制患者阳性率更低；G/GM试验容易获得但其假阳性率高。现阶段、疑难危重症感染病原学诊断已迈入mNGS时代，已有研究表明mNGS可提高病原学检测灵敏度且受抗生素使用的影响较小。然而，临床应用mNGS诊断肺部真菌感染的经验有限。研究目的比较肺活检组织和支气管肺泡灌洗液（BALF）的mNGS结果，确定它们的临床诊断价值。研究方法单中心回顾性队列研究研究入组人群：-年5月至年1医院疑似肺部真菌感染患者例。-所有患者均接受气管镜检查收集肺泡灌洗液及活检组织。
肺真菌感染诊断标准（EORTC/MSG版）：
IFD组-确诊侵袭性真菌感染：组织病理学。-极似/临床诊断：医院组成的专家组阅胸部CT影像学符合真菌感染（临床特征）+评估真菌感染病原学证据，包括GM试验。非IFD组-若不符合确诊及临床诊断则为非IFDs者。确定真菌感染具体病原体：-培养和/或组织病理学检查阳性的真菌；在免疫抑制患者中BALFGM试验阳性确定曲霉菌感染（推荐）。-某一真菌测得至少50个特异读长为致病真菌；对于读长小于50的病原菌可根据临床情况进行判断。研究方法1.mNGSvs.常规检测(病理学、半乳甘露聚糖和培养)。2.肺活检组织mNGSvs.BALFmNGS。-诊断价值-病原学结果一致性研究结果表1患者人口学特征
mNGS与常规检测（病理学、半乳甘露聚糖和培养）比较
特异度：常规检测与mNGS（肺组织活检或BALF）比较无差异。灵敏度：常规检测vs.肺组织mNGS44.44%vs.80.0%。常规检测vs.BALFmNGS44.44%vs.84.4%。11例肺活检发现真菌菌丝。在所有真菌培养中，6例患者真菌培养结果提示霉菌生长；10例BALFGM试验阳性患者中6例假阳性。
比较肺活检组织mNGS和BALFmNGS检测在诊断肺部真菌感染的价值
两种mNGS检测灵敏度和特异度无差异；mNGS（活检联合BALF）的灵敏度和特异度为77.8%（95%CI62.9%～88.8%）和95.1%(95%CI86.3%～99%)。mNGS（活检和BALF联合）与BALFmNGS的AUC差异为0.(P=0.)。研究结果——两种标本mNGS病原学结果比较A.使用肺活检组织mNGS检测真菌B.使用BALFmNGS检测真菌
肺组织活检mNGS：米曲霉，*曲霉，耶氏肺孢子菌，小根霉，烟曲霉。
BALFmNGS：耶氏肺孢子菌，烟曲霉，米曲霉，*曲霉，小根霉。注：两种标本mNGS结果的一致性左图显示了例患者使用肺活检组织和BALF进行mNGS检测的阳性结果的分布。在两种标本mNGS结果相符的患者中，9例患者的mNGS结果为部分一致，24例患者为完全一致，1例患者为假阳性结果（编号58的患者mNGS结果为耶氏肺孢子菌但最终诊断为隐球菌）在45例最终诊断为肺部真菌感染的患者中，32例（75%）患者的肺活检和BALF检测结果为阳性。在45例最终诊断为肺部真菌感染的患者中，32例（75%）患者的肺活检和BALF检测结果为阳性。取两种标本mNGS检测出的多种类型真菌中读数最多的真菌进行比较。
在32例两种标本mNGS结果均为阳性的患者中，27例（84.38%）肺活检mNGS检测到的真菌读数高于对照组BALFmNGS；17例（53.13%）患者肺活检mNGS检测真菌读数比BALFmNGS高10倍以上。
研究结果——两种标本mNGS结果不一致分析
文献介绍了22例mNGS结果不一致的患者的信息。
8例肺组织活检mNGS阳性→4例最终确认真菌感染。
13例BALFmNGS阳性→5例最终确认真菌感染。
22例患者中，12例mNGS结果为假阳性；其中肺活检mNGS假阳性4例，BALFmNGS假阳性8例（P0.05）。
假阳性病例中，曲霉菌、肺孢子菌和白念珠菌的检出率最高，其中mNGS序列数小于20的有10例（83.33%）。
本研究中记录了气管镜的并发症。
本研究例患者中，肺活检和BALF同时进行。
8例经支气管肺活检在支气管镜下观察到少量出血；注入凝血酶后，支气管镜下未见活动性出血。
例患者中没有一例发生任何并发症，包括致死性咯血、气胸、心律失常和死亡。
研究结论
mNGS检测肺部真菌感染与常规检测相比有明显优势。
肺活检-mNGS和BALFmNGS无差别；但与BALFmNGS相比，肺活检mNGS通常可以检测到的序列数高于BALFmNGS。
怀疑肺部真菌感染的患者建议肺活检或BALFmNGS，以尽早发现病原菌。
当需要更高的诊断疗效时，可考虑活检和BALF两种标本联合mNGS检测。
局限性
本研究使用的mNGS检测均交付给商业实验室，医院的微生物实验室。这可能会增加周转时间并减少存储容量，从而降低测试的灵敏度。
此外，本研究纳入的样本量不大，导致绘制的ROC曲线略有偏差。
疑问：文章中对于疑似真菌感染没有明确定义？何为疑似真菌感染？纳入例的依据具体是什么？
进行真菌相关检测前患者是否有抗真菌治疗？对结果有无影响？
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