EM复合菌用于鸽子最简单的使用办法，就是按一定比例兑水后直接给鸽子饮用。具体做法是：用1份（升）EM复合菌，1份（公斤）红糖，加水至一定比例即可。其中红糖是作为一种营养物质，它能提高EM复合菌中菌群的活力，实际使用也用过葡萄糖和蜂蜜代替。
1、用于鸽棚及环境消*
用EM复合菌，红糖，加~倍水稀释液洒鸽舍及周围环境。开始每星期1次，逐渐减少到15天1次。实际运用中只要把鸽子每天喝剩下的EM复合菌用来消*鸽舍即可。鸽子饮用EM复合菌和鸽舍喷洒EM复合菌一段时间后，鸽舍中的臭味会大大降低，连蚊蝇也会减少很多，这是由于EM复合菌中的微生物能把促成恶臭的物质：氨、硫化氢、甲基硫醇等当做食物吃掉（分解掉），这无疑给城市阳台的养鸽者带来福音。再不要因为鸽舍产生臭味及引来的蚊蝇与居们发生纠纷，城市文明养鸽将落在实处。
2、用于日常保养及防病
用EM复合菌，红糖，加水稀释给鸽子全天饮用即可，EM复合菌的用量为每羽鸽子每天0.25~0.5毫升，加水量为~倍，以每天刚好饮完为宜。原则是冬天增加浓度，夏季减少浓度。其特点是能明显改善整个鸽群体质，对养功差的鸽舍效果尤其明显，鸽群抗病能力增强，基本上不发生恶性传染病，消化能力强，粪便形状好，家飞时间延长，飞翔半径大，训放整体归巢率高，对照使用注射用氨基酸的鸽群，效果毫不逊色，且成本降低十几倍。
3、防治鸽子体内外寄生虫
其特点是内服不产生*副作用，非常安全，同时又起到对鸽子身体的保健作用。因此，在比赛期间也能应急使用。外用洗澡也很有特点，有不少鸽友喜欢用高锰酸钾（PP粉）溶于水中给鸽子洗澡，虽然也能起到驱虫、消*作用，但高锰酸钾是一种强氧化剂，在杀菌的同时也会加速鸽子羽毛的老化，使其失去光泽而干枯。而EM复合菌中微生物的特点是能产生抗氧化作用的物质，使用它给鸽子洗澡，既能驱虫消*，又能对鸽子的羽毛起到非常好的护理作用。
EM复合菌可用来驱除鸽子体内外寄生虫。鸽子体内驱虫时用EM复合菌加倍水饮用1天，1星期后再饮用1天即可。驱除体外寄生虫可用EM复合菌加0倍水给鸽子洗澡，每星期1次，实际应用中用EM复合菌直接放在水中给鸽子洗澡，也有驱虫效果，并能使鸽子羽毛油滑光亮。
4、用于治疗鸽病
其特点是简便实用，无论是什么病，不需要做治疗前的医学检验，不用担心会用错药，EM复合菌对鸽子的消化系统疾病，呼吸系统疾病和一些疑难症都能治疗，特别是对令鸽友最头痛的多病菌复合有一举多得的效果。同时EM复合菌治病没有其它化学药剂在治病的过程中产生的*副作用、抗药性及二次感染等等一系列后顾之忧。而且用EM复合菌治好的鸽子身体素质恢复极快，这是由于在鸽病治好的同时，鸽子消化系统也已调整到位，这时给鸽子进行营养补充会得到良好的吸收，使鸽子体质迅速恢复。
①如果是全棚发生传染性疾病，（如沙门氏菌、新城疫、球虫病等）可用EM复合菌，红糖，（这时不能使用蜂蜜）加水稀释50倍全天饮用，观察鸽子精神状态及粪便，以此判断使用效果，一般3~7天即可完全控制病情，如用后2~3天内无明显效果，可以加大浓度。病情控制后，要继续按治疗浓度饲喂两天，以便巩固治疗效果，然后恢复日常保养浓度。
②对病情比较严重或个别发生病情的鸽子，可用EM复合菌红糖加水10倍稀释，用注射器灌服，每次10毫升每日2~3次，对病情特别严重的鸽子我们的做法是直接灌服EM复合菌，每次3~5毫升。
③对念珠菌、毛滴虫、霉菌感染的鸽子，一般口腔中生有*白色沉积物，这时要先将沉积物去掉，然后在口腔内滴几滴EM复合菌，并内服治疗浓度的EM复合菌，一般2~3天能够治好。
④EM复合菌还可用于防治鸽子饲料的*曲霉菌中*，治疗各种原因引起的外伤，眼部啄伤，伤口发炎等，具有止血、预防感染、消炎、快速愈合创口的神奇效果。
5、用于鸽子赛前赛后的调整和老幼鸽的保健
由于EM复合菌中的微生物能分泌出有机酸、多糖类、多种维生素、抗生素、各种生化酶、氨基酸和氧等有益物质。既可调整各器官的功能延缓细胞衰老，激活T细胞，分解亚硝基化合物及其它有机化合物，又可增加营养，促进对其它营养物质的吸收，从而改善鸽子体内的微生态平衡，使鸽子保持健康的体质。因此EM复合菌可用于鸽子的育种，种鸽（特别指高龄鸽）配对前15天，每天灌服10毫升，幼鸽出壳后7天至出棚，每天灌服3~5毫升，赛鸽参赛前7天开始每天服10毫升，鸽子比赛归巢后立即灌服20毫升，之后连服3天，然后转为日常保健浓度饲喂。
注意：在上述调整中，如鸽子出现体重过重，可适当增加鸽子日常训练的运动量，减少饲料中油脂性饲料的比例，其它添加剂均可不用或少量使用，比赛期间可适当给赛鸽增加营养，可选择多种维生素和中草药制剂。
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